Vùng phân bố của Byblis aquatica thì bị giới hạn trong vùng phía bắc của Úc. Nó là loài bản địa của khu vực giữa Darwin và Berry Springs. Nó phát triển trên những chỗ cát nhiều mùn của vùng sụt xuống bị lũ lụt theo mùa lũ từng năm và bên bờ chỗ cạn của những đầm, phá nước ngọt. Nó chia sẻ nơi sinh sống của nó với loài Byblis liniflora (tuy nhiên nó lại là loài bản địa của vùng khô hơn).